U cilju efikasnijeg i racionalnijeg obavljanja stručnih poslova djelatnosti zbog kojih je Zavod osnovan, Zavod djeluje kao jedinstvena funkcionalna cijelina.
Radi obavljanja stručnih, administrativnih i drugih poslova zbog kojih je Zavod osnovan, organizuje se stručna služba Zavoda.
U sjedištu Zavoda se obrazuju četiri sektora i Jedinica za internu reviziju:

1. Sektor za ekonomsko-finansijske poslove, plan i analizu;

2. Sektor za trezor i računovodstvo;

3. Sektor za provođenje osiguranja, pravne i opšte poslove;

4. Sektor za informacijski sistem

5. Jedinica interne revizije.

Organizacija:

Kabinet direktora:

• Direktor – Salem Halilović
• Stručni saradnik za odnose s javnošću i kancelarijsko poslovanje – Minela Pašović

Jedinica interne revizije

• Interni revizor – Amina Fejzić Aganović

Sektor za ekonomsko-finansijske poslove, plan i analizu

• Rukovodilac sektora za ekonomsko-finansijske poslove plan i analizu i zamjenik direktora – Emir Pršeš
• Referent za obradu recepata – Senada Zupčić
• Referent doprinosa i blagajnik – Nasiha Helać

Sektor za trezor i računovodstvo

• Stručni saradnik za računovodstvene poslove – Minka Čolo
• Referent za računovodstvene poslove – Adela Prutina
• Referent za poslove likvidature – Selma Sijerčić
• Referent za informacijski sistem – Mersudin Krajišnik

Sektor za provođenje osiguranja, pravne i opšte poslove

• Rukovodilac sektora za provođenje osiguranja pravne i opšte poslove – Naida Mandžo
• Referent za obradu statističkih i finansijskih podataka – Hedija Pušilo
• Referent za obradu statističkih i finansijskih podataka – Alma Salić
• Referent za zdravstveno osiguranje – Nedim Sijerčić, Nermina Hubjer
• Referent za prijem pošte – Nermina Žuga
• Spremačica – kurir i kafe kuharica – Amira Musić