U cilju efikasnijeg i racionalnijeg obavljanja stručnih poslova djelatnosti zbog kojih je Zavod osnovan, Zavod djeluje kao jedinstvena funkcionalna cijelina.
Radi obavljanja stručnih, administrativnih i drugih poslova zbog kojih je Zavod osnovan, organizuje se stručna služba Zavoda.
U sjedištu Zavoda se obrazuju četiri sektora i Jedinica za internu reviziju:
1. Sektor za ekonomsko-finansijske poslove, plan i analizu;
2. Sektor za trezor i računovodstvo;
3. Sektor za provođenje osiguranja, pravne i opšte poslove;
4. Sektor za informacijski sistem
5. Jedinica interne revizije.
Organizacija:
Kabinet direktora:
- Direktor – Salem Halilović
- Stručni saradnik za odnose s javnošću i kancelarijsko poslovanje – Minela Pašović
Jedinica interne revizije
- Interni revizor – Amina Fejzić Aganović
Sektor za ekonomsko-finansijske poslove, plan i analizu
- Rukovodilac sektora za ekonomsko-finansijske poslove plan i analizu i zamjenik direktora – Emir Pršeš
- Referent za obradu recepata – Senada Zupčić
- Referent doprinosa i blagajnik – Nasiha Helać
Sektor za trezor i računovodstvo
- Stručni saradnik za računovodstvene poslove – Minka Čolo
- Referent za poslove likvidature – Selma Sijerčić
- Referent za informacijski sistem – Mersudin Krajišnik
Sektor za provođenje osiguranja, pravne i opšte poslove
- Rukovodilac sektora za provođenje osiguranja pravne i opšte poslove – Naida Mandžo
- Stručni saradnik za nabavke, poslove Upravnog odbora i komisija – Amir Sijerčić
- Referent za obradu statističkih i finansijskih podataka – Hedija Pušilo
- Referent za obradu statističkih i finansijskih podataka – Alma Salić
- Referent za zdravstveno osiguranje – Nedim Sijerčić, Nermina Hubjer
- Referent za prijem pošte – Nermina Žuga
- Spremačica – kurir i kafe kuharica – Amira Musić