Zavodom zdravstvenog osiguranja upravlja Upravni odbor. Upravni odbor broji 9 članova, mandat predsjednika i članova Upravnog odbora traje 2 godine.

Pored poslova utvrđenih Zakonom o zdravstvenom osiguranju i Zakonom o Kantonalnom zavodu zdravstvenog osiguranja i drugim zakonskim i podzakonskim propisima Upravni odbor Zavoda:
1. donosi Poslovnik o radu Upravnog odbora;
2. donosi program rada Upravnog odbora;
3. donosi Finansijski plan Zavoda uz saglasnost Ministra i usvaja završni račun;
4. odlučuje o zaključivanju odnosno pristupanju dogovora Zavoda o udruživanju sredstava i razmatra izvještaj o korištenju sredstava dodijeljenih Zavodu iz udruženih sredstava;
5. odlučuje o visini naknada koje Zavod, prema svojim finansijskim mogućnostima može plaćati za pružanje zdravstvenih usluga o osiguranim licima;
6. donosi odluku o izboru najpovoljnijeg ponuđača uz pribavljeno mišljenje kantonalnog ministra za socijalnu politiku, zdravstvo, raseljena lica i izbjeglice, radi zaključivanja ugovora sa zdravstvenim ustanovama;
7. donosi odluku o zaključivanju ugovora Zavoda sa zdravstvenim ustanovama o pružanju zdravstvenih usluga, saglasno zakonskim i podzakonskim propisima;
8. utvrđuje cijenu zdravstvenih usluga za poslove ugovorenog privatnog zdravstvenog radnika, donosi plan rada Zavoda i stručne službe;
9. podnosi zahtjev za pokretanje postupka za ostvarivanje naknada koji se obezbjeđuju u slučaju nastupanja reosiguranih rizika;
10. donosi odluku o zaključivanju sporazuma Kantonalnih zavoda zdravstvenog osiguranja sa Zavodom zdravstvenog osiguranja i reosiguranja Federacije Bosne i Hercegovine donosi odluku o osnivanju stručne službe Zavoda;
11. rješava predmete u drugom stepenu po žalbama iz obaveznog zdravstvenog osiguranja;
12. vrši druge poslove za koje je ovlašten zakonskim i podzakonskim propisima i općim aktima Zavoda.